世界を救え。 運命は再び彼らの手に委ねられる。
不死身のチアリーダー、クレアがカメラの前で能力者の存在を告白してから5年。テキサス州オデッサで、能力者と人間たちが世界各地から集まり、人類共存を目指す平和サミットが開催される。しかし突然爆発テロが起き、会場は一瞬にして壊滅、多くの犠牲者を出す惨劇と化す。爆破テロの首謀者はモヒンダー・スレシュだと発表された。そのテロ事件以来、共存を目指していた両者の関係性は一変、能力者たちは危険な存在として扱われ、政府は能力者の登録を義務化。彼らは、人目を避けて暮らすことに。能力者“イヴォ”であるとわかれば、自警団に殺されるか、警察に連行されてしまうのだ。だが、特殊能力に突然目覚める者は減るどころか、次々と現れるのだった。オデッサのテロ事件は多くの人々に深い傷を残した。ノア・ベネットもその一人だった。
オースティン。最愛の娘クレアを失ったベネットは、全てを捨てひっそりと暮らしていた。だが、能力者たちを巻き込んだ陰謀説をとなえるクエンティンと出逢い、不死身のはずのクレアがなぜあのテロ事件で死んでしまったのか、彼女の死の真相を明らかにしようと、独自に捜査を開始する。
シカゴ。高校生のトミー・クラークは、能力者の秘密集会に参加する。彼は人や物を他の場所へ転送する能力を持っていたが、うまくコントロールできずに悩んでいたのだった。だが、その集会に突然ルーク・コリンズと妻ジョアンが乱入、能力者に銃を向ける……。
ロサンゼルス。元兵士カルロス・ギテレスは、気ままな生活を送っていた。だがある日、銃弾に倒れた兄オスカーから、町の覆面ヒーロー、“ベンガドール”のマスクを託される。能力者である兄はマスクを被って町の人々を助けていたのだった。
東京。行方不明の父を待ち続けるミコ・オオトモ。そんな彼女を、突然ゲームオタクのレンが訪ねてくる。レンによると、ミコは「エバーナウ」というビデオゲームのヒロイン、“刀ガール”だというのだ。そんな中、ミコは突然不思議な力に目覚める。ミコは自分の能力と最愛の父の手がかりを求め、ビデオゲームを開発した「ヤマガト」という会社を訪ねることにするのだが……。
北極。オーロラの上空には不気味なブラックホールが出現していた……。
追われる身となった能力者たち。あのヒーローたちに、一体何が起こったのか。人類に再び危機が迫るとき、彼らは再び立ち上がるのか。そして、彼らに迫る真の敵とは！？
