2000年10月、アメリカのミサイル駆逐艦コールが爆破され、オニールと彼のチームはイエメンに赴くが、そこでオニールは在イエメンのアメリカ大使と対立し、大使はオニールをアメリカへ召還させようとする。
2001年、オニールは情報共有の欠如を巡ってCIAと衝突するが、諜報機関同士がもめている間にもアルカイダのテロリストたちは目に付かぬところでハイジャック計画を進めている。オニールはある出来事によってそのキャリアが失速、更に官僚制度に飽き飽きして8月にFBIを退職。その後世界貿易センターの保安担当責任者となる。
そして9月11日――。
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