ストーリー
「地球の恐るべき敵ミステロン。物質も人も再生する力を持つ火星の支配者だ。滅ぼさねばならない。地球を救う不死身の戦士。その名はキャプテンスカーレット。」――原語版オープニング・ナレーションより
2068年、世界政府大統領直属の特殊安全機構軍“スペクトラム”の宇宙船が火星に着陸した。ところが、そこにはすでに宇宙生命体“ミステロン”の基地が存在した。彼らが向けたビデオカメラを武器と思った火星派遣軍のチーフ、ブラック大尉は誤ってこれを攻撃、全滅させるという最悪のファースト・コンタクトを迎えてしまう。しかし不可視にして特殊な再生能力を持つミステロンは基地を再生すると、ブラック大尉にロボット光線を浴びせ彼らの尖兵とし、地球に対して報復攻撃を開始した。
ミステロン専門の防衛組織となったスペクトラムの隊員キャプテンスカーレットは、任務遂行中ミステロンによって殺されてしまうが、彼らの特殊再生能力で生き返りスパイとして操られる。しかし戦いの最中にロンドン展望駐車場から誤って転落。そのショックで自我を取り戻し、ミステロンに改造された不死身の体のまま、スペクトラム最高のエージェントとして復活した。今、見えない敵ミステロンとの戦いの火蓋が切って落とされた!