シーズン５
未来から来た彼らは、当初、人類の歴史上重要な瞬間に現れ、事を見届けるだけの存在で、「監視人」と呼ばれていた。しかし2015年、彼らは突如監視をやめ、人類を支配し始める。はるかな未来、2609年に地球は完全に汚染され居住不可能となり、監視人たちはタイムトラベルを行って現在の地球を乗っ取ったのだ。
監視人に対する市民の反乱は失敗に終わり、生き残った者は「ネイティブ」と呼ばれ支配下に置かれたが、その一部は忠誠派「ロイヤリスト」として監視人に仕えることとなった。フリンジ・チームも監視人に抵抗するがあえなく破れ、抵抗運動は瞬く間に終息したかに思われた……。
そして21年後。2036年、ボストン。今ではネイティブの取り締まりのみが任務となったフリンジ・チーム。捜査官のエッタは、監視人に仕える立場でありながら実はレジスタンスの一員である。彼女は「アンバー」と呼ばれるガスの中に閉じ込められていた最初のフリンジ・チームのメンバーであるウォルター、ピーター、アストリッドを救出、エッタはピーターと熱い抱擁をする。21年ぶりの再会となる二人は実の親子なのだ。
残る一人はエッタの母でもあるオリビアだ。21年前、監視人を倒す計画は、監視人でありながら人類を助けようとするセプテンバーが分割してウォルターの頭に入れていて、それを実行する際に必要なものを取りに行ったオリビアは戻る途中で消えたのだった。オリビアを見つけ出し、監視人打倒計画を実行すべく、フリンジ・チームは再び立ち上がる。
シーズン１
ハンブルグからボストンへ向かう飛行機の中で、1人の男が苦しみだしたかと思うと彼の全身の皮膚が溶け出す。その直後、周囲の乗客や乗務員も同じ症状に見舞われる。
国際線旅客機627便は、ボストンのローガン国際空港に自動着陸。機内では、乗員･乗客全員の肉体が溶け落ち骨だけになっていた。FBI捜査官のオリビア・ダナムは、密かに交際中の相棒ジョン・スコット捜査官と共に捜査に加わる。翌日、ある倉庫で中東系の男が白人の男にカバンを渡すのを見たという情報が入る。オリビアは、捜査の指揮を執る国土安全保障省の特別捜査官ブロイルズの命令で、ジョンと共に捜査に向かう。
そこで怪しい男を発見したジョンは、彼を確保しようと追うが、男の放った爆弾で瀕死の重傷を負ってしまった。ジョンには、爆発の際に飛び散った化学物質のせいで、皮膚の下の内臓が透けて見えるという奇妙な症状が現れ、そのことからオリビアは627便の事件との共通点を見つけ出す。それはウォルター・ビショップ博士という、フリンジ・サイエンス（非主流科学）の実験を行っていた人物だった。
しかし、博士は17年間ある施設に収容されており、博士に相談できる唯一の手段は、疎遠になっていた博士の息子のピーターに協力を頼むことだった。IQ190の天才ながら厄介な人物であるピーターをなんとか説き伏せ、オリビア、ウォルター、ピーターの三人は、627便の事件を追う。そして、死のフライトで起きた事が、さらに巨大で衝撃的な真実の氷山の一角に過ぎないと知るのだった…。
シーズン２
衝撃の展開を受けてスタートするシーズン２
国際線旅客機627便の乗員･乗客全員の肉体が溶け落ち骨だけになるという奇怪な事件の調査に加わったFBIボストン支局の捜査官オリビア・ダナムは、フリンジ・サイエンス（非主流科学）の実験を行っていた天才科学者のウォルター・ビショップ博士、そして彼の息子でやはりIQ190の天才というピーターを仲間に引き入れ、この謎に取り組む。捜査線上に浮かんだのは、世界的大企業マッシブ・ダイナミック社。創設者は、ウォルターのかつての共同研究者ウィリアム・ベルだ。
マッシブ・ダイナミック社重役ニーナ・シャープの口から語られた言葉、「パターン」。それは、世界中で起きている一連の不可解な現象のことを意味するらしい。国土安全保障省のフィリップ・ブロイルズ捜査官の指揮下に編成されたオリビア、ウォルター、ピーターらフリンジ・チームは、その後も次々と発生する「パターン」を専門に調査することに。
「パターン」にまつわると思われる奇怪な事件に関わるうちに、フリンジ・チームは科学技術を用いるテロ組織「ZFT」の存在に気づく。彼らの行動は、「この世界は数あるうちの一つであり、『もうひとつの世界』といずれ戦いになる」という文書に基づいているが、その文書はウィリアム・ベルの手によるものだった。「もうひとつの世界」へ行き来する手段を開発したのはベルとウォルターであり、どうやらそのことをきっかけに「パターン」が起こり始めたらしいのだ。
さらに驚くべき事実が明らかに。ZFTはパラレル・ワールド「もうひとつの世界」との決戦のための兵士として、幼い頃に「コーテキシファン」という薬を投与され実験台にされていた者を探していたが、オリビアもその薬を投与されていた。コーテキシファンを開発したのは、またしてもウィリアム・ベルだった……。
オリビアは全ての謎の中心であるウィリアム・ベルとついに対面する。その場所は、我々のこの世界とは違う「もうひとつの世界」。ニーナの導きで、オリビアは「もうひとつの世界」に足を踏み入れたのだ。
「もうひとつの世界」でオリビアが見たものとは？ウィリアム・ベルはオリビアに何を語るのか？そして、この世界と「もうひとつの世界」の間の戦いは本当に起こってしまうのであろうか？
シーズン３
国土安全保障省のフィリップ・ブロイルズ捜査官の指揮下に編成されたオリビア、ウォルター、ピーターらフリンジ・チームは、その後も次々と発生する「パターン」を専門に調査を続けていた。が、「パターン」にまつわると思われる奇怪な事件に関わるうちに、オリビアは衝撃の事実を知る。この世界は数あるうちの一つであり、「もうひとつの世界」といずれ戦いになるというのだ。「もうひとつの世界」とは、こことはわずかに違うだけの平行する世界。多少の容姿・性格の違いはあれど、向こう側にも向こう側の世界のオリビアやウォルター、ブロイルズらが存在する。交わるはずのない二つの世界が、なぜ今争うようなことになってしまったのか？
そのきっかけはなんとウォルターが作ったものであった。「もうひとつの世界」の存在を知ったウォルターは、病のため7歳で死んでしまった息子ピーターのことを嘆き、せめて「もうひとつの世界」のピーターは生き延びることを願った。しかし向こうでもやはりピーターが命を失いそうであることを知り、1985年、世界が崩壊するかもしれないという大きなリスクを覚悟で、向こう側へのワームホールを開け、ピーターを連れてきてしまったのだ。
ピーターを助けたい一心でウォルターが最初に空けた世界の間の亀裂は、こちらの世界では大きな問題は起こらなかったものの、「もうひとつの世界」では甚大な被害を引き起こすこととなってしまった。一度扉が開いてしまうと、ふたつの世界は共存できず、どちらかひとつの世界しか残ることができない。そのため「もうひとつの世界」はこちら側を敵視して尖兵を送り込み、最後にはこちら側の世界を破壊しようとしているのだ。そのための最終兵器はピーターの存在が鍵となっているのだが、自分の出生の秘密を知ったピーターは傷心のあまり、向こう側のウォルターに連れられて「もうひとつの世界」へ行ってしまう。
ピーターを取り戻し破壊を阻止するため、ウォルターはオリビアらと共に再び「もうひとつの世界」へと向かう。そして、困難を乗り越えてピーターを連れ、なんとかこちら側へ戻ってきたウォルターたち。しかしウォルターやピーターは気付いていないが、実は共に戻ってきたオリビアは、いつの間にかすり替わった向こう側のオリビアだった！こちら側のオリビアは「もうひとつの世界」で捕えられ、監禁されてしまったのだ。
向こう側のオリビアはこちら側でいったい何をしようというのか？こちら側のオリビアは元の世界に戻ってくることができるのか？そして、双方の世界の運命は…？
シーズン４
ピーターを助けたい一心でウォルターが最初に空けた世界の間の亀裂は、こちらの世界では大きな問題は起こらなかったものの、「もうひとつの世界」では甚大な被害を引き起こすこととなってしまった。一度扉が開いてしまうと、ふたつの世界は共存できない。そのため「もうひとつの世界」のウォルター「ウォルターネイト」はこちら側を敵視して尖兵を送り込み、最後にはこちら側の世界を破壊しようとしているのだ。「もうひとつの世界」が持つ破壊装置を動かすにはピーターの存在が鍵となっていた。
こちらの世界を救うべく破壊装置に乗り込んだピーターは、次の瞬間、意識が15年後の2026年にタイムスリップしていた。そこでピーターは、片方の世界を滅ぼしてももう片方の世界が生き残るわけではなく、一方の世界の崩壊が全ての破滅につながることを知る。お互い自分たちの世界を守ろうとして戦った結果、お互いの世界を滅ぼすことになってしまったのだ。
破壊装置が起動されれば両方の世界が破壊される……。最悪の未来を見たピーターは、両方の世界を救うべく、二つの世界に穴を開けて、ニューヨークのリバティ島で双方に「橋」をかけた。二つの世界の人々が協力してこの事態を修復することを望んだのだ。しかしその直後ピーターは消え、ピーターのことを覚えているものは誰もいなくなった。タイムラインがリセットされ、ピーターが存在しない世界に書き換えられてしまったのだった！ そして……。
ウォルター・ビショップ博士はハーバードの研究室に閉じこもり、ラボの1室で居住している。フリンジ・チームのオリビア・ダナムは、ハートフォードのFBI 捜査官がシェイプシフターに殺された事件を捜査。アシスタントのアストリッドを連れ、現場に向かう。殺された捜査官のパートナー、リンカーン・リー捜査官は、「特別チーム」としか名乗らないオリビアを不審に思い、ハーバードのラボを突き止め、強引に捜査協力を申し出る。調査を進めると、現在は協力関係にあるはずの「もうひとつの世界」から、新型のシェイプシフターが送り込まれているらしい。オリビアは「もうひとつの世界」のフリンジ・チームに捜査を依頼する。
一方、ビショップ博士はある幻覚症状に悩まされていた。鏡やテレビにある男の姿が映るのだ。だが、セントクレア病院に強制収容されることを恐れる博士は、誰にも相談できずにいるのだった。どうやら、消えたはずのピーターだったが、痕跡が依然存在し続けていることのようだ。現在・過去・未来、全ての事件を監視している謎の存在「監視人」のセプテンバーは、ピーターを完全に消し去るよう命じられた……。ピーターはどこへ消えたのか？ 果たして戻ってくることができるのだろうか？