海軍犯罪捜査局（略称NCIS）ニューオーリンズ支局は、ミシシッピー川からテキサス州北部のパンハンドル地方までを管轄とし、日夜アメリカ海軍やアメリカ海兵隊の将兵が関わる事件を扱っている。NCISニューオーリンズ支局の主任ドウェイン・“キング”・プライドは、自らスカウトしたクリストファー・“クリス”・ラサール、元ATF（アルコール・タバコ・火器及び爆発物取締局）エージェントのソーニャ・パーシー、コンピューターのスペシャリストであるパットン･プレイムらから成るチームを率いている。チームメンバー同士が家族のように接し、アットホームな雰囲気のNCISニューオーリンズ支局で、彼らは検視官ロレッタ・ウェイドと科学捜査分析官セバスチャン・ランドら優秀なスタッフの協力を得ながら、持ち前のチームワークで様々な難事件を解決していく。
バーレスク・フェスティバルで賑わっているニューオーリンズのワシントン・アーティラリー・パークでいきなり銃声がとどろく。次々と倒れる犠牲者たち。狙撃手に撃たれた4人のうち死亡したのが海軍の下士官だったため、NCISチームが捜査を開始するが、間もなくブロディがプライドらに知らせないまま辞職したことを知る。ブロディが、実はテロリストだった国家安全保障省エージェント、ルッソと親密になったことでNCISニューオーリンズ支局全体の名誉を傷つけた事に責任を取って辞職したことは理解しながらも、自分たちに一言も無く去ったブロディにガッカリするプライドたち。そんな中、パットンが次に起ころうとしている狙撃を探知したことで現場に急行したラサールとパーシーは、銃弾が発射されたと思われるビルのバルコニーを走る人影を捉える。狙撃犯だと思って銃を向けたラサールとパーシーに振り返った女性は、FBIの防弾チョッキを着ていた。ワシントンD.C.から派遣されたタミー・グレゴリオと名乗るFBIエージェントは、狙撃事件の捜査のために来たと言うが、口を滑らせて最初の狙撃事件が起きる前にニューオーリンズに到着していたことが明らかになる。グレゴリオがルッソの事件に関してプライドのチームを捜査するために送り込まれたことを知ったプライドは憤慨してFBIに乗り込むが、急を要しているのは狙撃事件の解決であることでグレゴリオの上司と意見が一致。グレゴリオはプライドたちの捜査に協力していくことになる……。
