1906年、ロンドンのハーレム街、イースト・エンド。少年ピーターは仲間たちと共に、フェンシング教師のジミーのもとでコソ泥をして暮らしていた。ある夜、盗みに入った骨董品店で見つけた不思議な光る玉をジミーがたたくと、その場にいた仲間たちは姿を消してしまう。ひとり取り残されたピーターは、玉をたたくと別の世界に移動するのだと知り、仲間を連れ戻すために玉をたたく。
移動した先は、誰も歳をとらない「ネバーランド」という世界だった。ジミーたちが海賊にさらわれたと知り救出に向かおうとするが、カー族の長の娘アヤに止められる。海賊に捕まったら木の精の集落に続く秘密の道を知られることになるというのだ。海賊たちは木の精の空を飛ぶ力の源となっている不思議な粉を狙っていた。カー族は海賊たちから木の精を守っているのだ。
アヤの忠告に反し、海賊船に向かったピーターは仲間を無事カヌーに乗せるが、ジミーを慕うピーターは彼を連れに船に戻る。しかしジミーは海賊船のボニー船長に誘惑され、海賊の仲間になっていた。ジミーの裏切りを知ったピーターはカヌーに戻るが、ピーターを助けにきた仲間の一人が海賊に殺されてしまう……。
