ボスでもない、パパでもない。壊れかけた男、トニー。魂を取り戻せるのか。
シーズン1
組織の大ボス、ジャッキーが病死し、新たに大ボスに君臨したアンクル・ジュニアは、それまでの組織の慣行を無視してやりたい放題。実質的なボスであるトニーはその後始末に四苦八苦し、2人の仲は険悪に。また母リヴィアはトニーが自分を無理やり施設に入れたことを恨み、彼が精神科医にかかっていることにも嫌悪感をおぼえて、アンクル・ジュニアと結託しトニーの暗殺を計画する。しかしこの計画は失敗、アンクル・ジュニアはFBIに捕らえられ、リヴィアはトニーにより施設に送られることに…。
シーズン2
ニュージャージーの組織を束ねるボスに昇格したトニー。そこへFBIのスパイだと一度は疑いをかけその後行方不明になっていたビッグプッシーが突然姿を現すが、どうも様子がおかしい。また、シアトルから訪ねてきたトニーの姉パルバティとその恋人リッチーが、様々な問題を巻き起こし、クリスはあるきっかけから映画界に興味を持ってトニーの許しを得ずに勝手を始める。アンクル・ジュニアは仮釈放されるが、お風呂で足を滑らせて怪我をする始末でトニーが引き取ることとなってしまう。昇格したはずなのにストレスが一向に減らないどころかむしろ増大してきたトニーだったが、頼みの綱のドクター・メルフィはトニーの診察にストレスを感じ、自分が別の精神科医に診てもらうように。そしてついにファミリーの一員が銃撃され…。
シーズン3
スパイだったビッグプッシーが消されたことにより情報収集の手段を失ったFBIは、トニーの家に盗聴器をしかけることに。大学進学して現在は寮生活の娘メドウが恋人を連れ帰ってきたことが新たなトニーの悩みの種となり、息子アンソニーが自分と同じパニック障害であることも分かる。そんな時、ニューヨーク・ファミリーのジョニー・サックがニュージャージーに越してきた。仕事に首を突っ込む気はないと言うが、果たして本当なのか…。
シーズン4
大学生の娘メドウは恋人ジャッキー・ジュニアが殺されたことで落ち込み、アンソニーは問題を起こして高校を退学とあいかわらず手がかかる。情報収集の手段を失ったFBIは、今度はクリスの恋人アドリアーナに接近。トニーのファミリーの情報を密告するよう要求。刑務所行きを恐れるアドリアーナはこれに従うことに。また、ニュージャージーに引っ越してきたニューヨーク・ファミリーのやり手、ジョニー・サックは、トニーに不満を抱き始めたポーリーに近づきソプラノ・ファミリーの内部情報を探ろうとしている。不穏な空気が漂う中、トニーは、身内である甥のクリスに絶大な信頼を置き、大きな仕事を任せるようになっていく…。トニーにとって手ごわいライバルとなっていくジョニー･サックだが、共通の敵、カーマインを亡き者にすべく、渋々協力しあう関係にも。そんな中、トニーの姉ジャニスの恋人ラルフはトニーに殴り殺される。
シーズン5
刑務所にいたマフィアが次々と出所することになるが、その中の一人でトニーの小心者の従兄弟、トニーBはマフィアの世界から足を洗おうとマッサージ師になる勉強を始める。しかし、ひょんなきっかけからトニーBはギャンブル好きのダメ人間に戻っていき、再び裏街道に足を突っ込んでいく。また、夫トニーの浮気が我慢の限界に達し、自身も浮気をしそうになった妻カーメラは、とうとう自分と子供たちが住む自宅からトニーを追い出し、夫婦は別居生活へ。また、トニーに優しくされたアドリアーナはFBIの仕事によるストレスやドラッグ依存も手伝い、トニーに好意を抱くようになるが、周囲はトニーとアドリアーナの関係を警戒する。そんなトニーは、もうセラピーに行かないと誓ったメルフィを再び頼ろうとするが…。
離婚の危機に瀕していたトニーとカーメラだったが、何とか和解し、トニーは家に戻る。ニュージャージー・ファミリーのほうでは、出所後次々と問題を起こしニューヨーク・ファミリーとの間の火種になっていたトニーの従兄弟トニーB、そしてFBIに通じていたクリスの恋人アドリアーナが次々と処刑される。さらに、話を付けるためにトニーとNYファミリーのボスの一人ジョニー・サックが会合を持つが、FBIが乗り込んできてジョニーが逮捕されてしまった。這々の体で逃げ出すトニー…。
シーズン6
そして1年後。ジョニーのいないNYファミリーでは、彼の部下フィル・レオタルドが組織を仕切っていたが、NJファミリーとの間は依然緊張状態だ。トニーの息子アンソニーは大学生となったが、相変わらずふらふらして両親を心配させている。そして、具合の悪かったトニーの伯父アンクル・ジュニアがついに錯乱、トニーを敵と勘違いし銃で撃ってしまう！まだまだ難題が降りかかるトニーに、心の平穏は訪れるのか？
※より詳細なあらすじは、エピソード をご覧ください。