第1話　　「謎の新兵器パラライズ光線」

More Tribbles, More Troubles

ある惑星に穀物クアドロトリティケールを輸送していたエンタープライズは、クリンゴン船から宇宙商人シラノ・ジョーンズを救出する。彼はすさまじい勢いで繁殖する小動物トリブルをまたしてもかかえていたが、品種改良を加え大繁殖を防いでいるという。しかし…。オリジナルの宇宙大作戦「新種クアドロトリティケール」の続編的エピソード。

第2話　　「惑星ファイロスの巨人」

The Infinite Vulcan

新たに発見された惑星ファイロスには植物から進化したというファイロス人が住んでいた。ファイロス人の話によると、この惑星にはケニクリアスと称する支配者がいて、宇宙の平和を守るために強大な人間を作ることを研究しているという。そのケニクリアスはスポックをさらい、彼の体から細胞をとり出して巨大なもう1人のスポックを作り出した。このため元のスポックは精神を奪われ、仮死状態に陥ってしまう。
脚本ウォルター・ケーニッグ（オリジナル「宇宙大作戦」のチェコフ役）

第3話　　「惑星を喰う黒雲」

One of Our Planets Is Missing

奇怪な星雲が銀河系宇宙に侵入。分析の結果、星雲は雲状をなした巨大な生物であることが判明したが、時すでに遅くエンタープライズ号も又、星雲に呑み込まれてしまった。しかも星雲の体内には、銀河系宇宙のすべての物質を破壊する反物質体でできた消化器官を備えていた。エンタープライズ号は反物質体の接近をふり払うために、プロテクター・バリアを張りめぐらし星雲の体内から脱出すべく出口を探す。

第4話　　「宇宙幽霊船の謎」

Beyond the Farthest Star

エンタープライズ号は無人惑星の軌道を周回中、異様な宇宙船を発見。調査の結果、それは3億年前のものであることが判明した。カーク船長等が乗り移ってみると、船内のメカニズムが俄かに動き出した。それはカーク等が接近したために、メカニズムが一行からエネルギーを吸収したためとわかった。その上、3億年前の声がスピーカーから聞こえてきた。それによるとある生物に乗り込まれて、やむなく乗組員は船外へ脱出したというものだった。カーク等がエンタープライズ号に戻ると、その転送ビームに乗って怪しげな生物が乗り込んできて、磁力を働かせ船内のメカニズムを大破してしまう。

第5話　　「魔星メーガスの半獣人」

The Magicks of Megas-tu

エンタープライズ号は、銀河系宇宙の中心部へ調査に向かい、異様な惑星メーガスに捕らえられた。メーガスは自分の希望する“信念”を抱けば、それが必ず実現するという、地球人から見れば、まさに魔法の世界だ。メーガス人はエンタープライズ号の乗組員を地球人なるが故に裁判にかけた。その昔、メーガス人が地球へ上陸した時、持ち前の魔法を使ったため、地球人から悪魔として厳しく罰せられたことがあった。メーガス人はその復讐を今、成し遂げようというのだ。

第6話　　「変身！ベンドリア人の怪」

The Survivor

エンタープライズ号は、流星に衝突して漂流中と思われる宇宙ボートを発見し、パイロットのカーターを救助した。カーターは貿易を営む実業家として有名だったが、5年前に行方不明となり死んだと考えられていた。彼のフィアンセ、アン中尉は大喜びするが、カーターは実は変身自在のベンドリア人が化けたものだった。彼はカーク船長に化け、エンタープライズ号を敵国ロムラン軍の領域に向かわせる。

第7話　　「魔のスペーストライアングル」

The Time Trap

銀河系宇宙のトライアングルと呼ばれる領域では、過去数百年間にわたって数多くの宇宙船が行方不明になっていた。エンタープライズ号はその調査に向かったが、宿敵クリンゴンのパトロール船と遭遇し、戦火を交えた。そのうち敵のパトロール船クロッソス号の姿が突然消えた。不審に思ったカーク船長は、同じ位置に急行した。するとエンタープライズ号もいつしか別の世界に移されていた。そこにはこれまで行方を絶った宇宙船の残骸が無数に散らばっていた。

第8話　　「過去から来た新兵器」

The Slaver Weapon

十万年前に、惑星スレーバーの種族が宇宙を支配し、大宇宙帝国を築いた時代があった。彼等は文明の利器を、“タイムレス・ボックス”と言われる箱の中に入れて各惑星に残していた。箱の中は時間が停止しているので、たとえ食物でも腐ることがない。スポック等はそのひとつを宇宙艇で輸送中、立ち寄った惑星ベーター・レアーで、クーガン星人に奪われてしまった。箱を開けると、中からは変幻自在に変わる武器が出てきた。スポック等とクーガン人との間で、激しい争奪戦が始まる。
脚本ラリー・ニーヴン（「リングワールド」で知られるSF作家の巨匠）

第9話　　「タイムトラベルの驚異」

Yesteryear

惑星バリモトロンには、過去を再現するタイム・ボーテックスと呼ばれる空間があった。ある歴史学者が、タイム・ボーテックスでバルカン人スポック家の家系を調べている時、再現されたその過去の中で、実際の過去とは違った経過が出現してしまった。スポックが少年時代、度胸だめしを受けた時、獣に襲われて死んでしまったのだ。その間違った過去が出現した以上、スポックは現在生きているはずがない。そこで、もし本当に死んでいたとすれば、今はこうなっていたであろうという現在が出現してしまった。スポックの代わりにエンタープライズ号には、アンドリア人が部署についていて、スポックが戻って来た時には、彼のことを誰も知らないと言う。
脚本D.C.フォンタナ

第10話　　「ミクロ人間の恐怖」

The Terratin Incident

エンタープライズ号は飛行中、ある惑星から衝撃波を受け、このため乗組員全員の体が縮小するという災難に陥った。衝撃波がどういう性質のものかは判らなかったが、人間の縮小が始まると、身長が1ミリにまで小さくなることが判明した。そうなると乗組員はもはや宇宙船のコントロールができなくなる。

第11話　　「惑星マッドの冒険」

The Jihad

惑星スカーは、かつては軍事力を宇宙に誇った一大帝国であったが、平和主義者アラーが現れてからは、スカー人は平和な暮らしを送るようになった。アラーが死んだ後、スカー人はアラーの魂を“8の字リボン”に託し、永遠の神として保存した。ある日、その魂が何者かに盗まれ、犯人は銀河連盟の者であるとの情報が流れた。このことがスカー人全体に知れれば、たちまち軍国スカーが復活し、銀河連盟と大戦争を起こしかねない。　カーク船長等は、他の銀河連盟の星人たちと、アラーの魂を捜索する

第12話　　「惑星アルゴの海底人」

The Ambergris Element

カーク等は、惑星アルゴに地震研究のため上陸した。惑星アルゴは、かつて陸地が多かったが、大地震のため陸が沈み、ほとんど海と化しているのだ。海上でカーク等は、猛獣海トカゲに襲われ、カークとスポックが失神した。気がつくと、体に突然変異が起こり、水中にしか生きられない体になっていた。原因を調べるうちに、海中人種アーカン族に遭遇。彼等が水に溺れている2人を発見し、注射の結果、突然変異を起こさせたのだという。そして、元の体に戻す方法は廃墟の神殿にあるが、それを見ることは部族の掟に反するという。

第13話　　「女だけの星」

The Lorelei Signal

第6宇宙圏では、7年目ごとに地球の宇宙船が行方不明になっていた。その7年目に当たる今年、エンタープライズ号は第6宇宙圏にパトロールに向かった。すると、船内の男性乗組員は、妖しげな音楽と共に美女の幻に捕らわれ、正気を失ってしまった。探知機調査の結果、それは惑星トーリアンから発信している電波に原因があると判明、カーク等は調査に上陸した。彼等はそこに住む女性ばかりの住民に捕らえられ、彼女たちにエネルギーを吸収された。このためカーク等は、1日10年の割で年老いていく。

第14話　　「人間動物園」

The Eye of the Beholder

惑星ラクトラで科学調査隊が行方不明になった。エンタープライズ号が急行し、カーク等が上陸して捜索に当たった。ところが奇妙な動物に遭遇し、カーク等3人の捜索隊は捕らえられ、バリアを張りめぐらした檻に入れられてしまった。周囲の様子から、そこは惑星ラクトラの動物園であることがわかった。奇妙な形の動物はラクトラ人で、彼等は人間という珍しい動物を見つけ動物園に収容したのだ。

第15話　　「不思議の星のアリス」

Once upon a Planet

エンタープライズ号の面々は久しぶりに休暇を楽しむため、楽園の星といわれる“惑星バカンス”に上陸した。地下に設けられたコンピュータ・センターが、地上へロボットを動かして“不思議の国のアリス”の世界を作ったりして、乗組員たちを楽しませていた。ところがそのロボットたちが急変して、一斉にカーク等に襲いかかった。調査を進めていくうちに、犯人は地下室のコンピュータであることが判明した。コンピュータは長い間、人間に接しているうちに、知識を蓄え生き物と化していたのだ。オリジナルの宇宙大作戦「おかしなおかしな遊園惑星」の続編的エピソード。

第16話　　「分解宇宙人ベム」

Bem

エンタープライズ号は新たな宇宙人を求めて、惑星シーターに上陸した。同行したのは最近初めて銀河連盟と接触した、惑星パンドロの探検隊長ベムだった。カーク等上陸隊は、シーター人をジャングルの中に発見した。彼等は銀河連盟の国々よりははるかに遅れた宇宙人だったが、いたずら好きの変わり者ベムのおかげで、上陸隊のうち、カークとベムとスポックが彼等に捕らえられてしまった。

第17話　　「死の疫病」

Albatross

エンタープライズ号の面々がドラミア系宇宙のドラミア1号に医薬品を届けると、マッコイがドラミア警備隊に逮捕された。理由は19年前、マッコイがドラミア2号の住民に予防注射をした後、住民たちに疫病が発生しほとんどの人々が死亡したためであった。ドラミア2号でマッコイに有利な証言をする人が見つかり、エンタープライズ号は証人を乗せてドラミア1号にとって返したが、途中乗組員がスポックを除いて全員疫病にかかってしまう。

第18話　　「宇宙海賊オリオン軍」

The Pirates of Orion

スポックがコリオス病にかかった。血液中の酸素が次

第に欠乏し、死亡するという厄介な病気だ。しかもあと3日しかもたない病状だった。ある惑星からその治療薬を取り寄せるには4日かかることが判明、やむなくその惑星付近を航行中の貨物船ヒューロン号に持ってきてもらい、途中でランデブーすることになった。ところが貨物船は、中立国と称するオリオン軍の宇宙船から攻撃を受け、積荷の爆薬と一緒に薬も奪われてしまった。

第19話　　「宇宙のイタズラ」

The Practical Joker

エンタープライズ号は、ロムラン軍の攻撃を受けて撤退中、エネルギー帯に突入した。その時、アトミック粒子が船内のコンピュータに浸入、不調をきたしたコンピュータは、エンタープライズ号のコントロールを失わせ、乗組員全員にイタズラを始める。

第20話　　「宇宙の神ククルカン」

How Sharper than a Serpent's Tooth

地球の状況を調べるべく謎の無人探測機が飛来したため、エンタープライズ号はその発信源を求めて捜索していた。すると突然、竜の形をした宇宙船に捕らわれた。宇宙船には、ククルカンという神が乗っていた。昔、この神は地球を訪れ、互いに殺しあう地球人に平和に生きる道を授け、さらに文明の知恵を与えた。しかし、当時の地球人は、いっこうに神の云うことを聞かなかった。心配したこの神は、地球の状況を調べるべく、探測機を送ったというのだ。

第21話　　「侵入した愛の妙薬」

Mudd's Passion

宇宙のペテン師ハリーは、偽物の薬を売っては宇宙を渡り歩いていた。カーク等はハリーを逮捕。連行中、ハリーはまたもや愛の薬と称し、看護婦チャペルに偽物を与え、隙を伺って逃げようとした。愛の薬とは、これを好きな人につければ、その人から愛が得られるというものだった。チャペルがスポックに薬をつけてみると…。オリジナルの宇宙大作戦にも出演のゲスト・キャラクター、ハリー・マッドが登場。

第22話　　「逆流する時間」

The Counter-Clock Incident

爆発炎上する星めがけて、一隻の宇宙船が記録破りのスピードで突っ込んでいった。初代船長のエイプリル夫妻を乗せて航行していたエンタープライズ号は、直ちに“けん引ビーム”を発射し、停止させようとした。ところが逆にエンタープライズ号は、正体不明の宇宙船に引っ張られて炎の中に突入、気がついた時には別の宇宙圏に入っていた。この宇宙圏は銀河系宇宙とはすべてが逆であった。一番困ったのは時間の逆流である。乗組員たちは急速に若返り、同時に頭脳に蓄積されている知識がどんどん消えていった。放っておけば、宇宙船のコントロールが不可能になる。