「1980年、既に人類は地球防衛組織シャドーを結成していた。シャドーの本部は、イギリスのとある映画会社の地下深く秘密裏に作られ、沈着冷静なストレイカー最高司令官のもと、日夜、謎の円盤UFOに敢然と挑戦していた。『シド』――コンピューター衛星。このシドがUFO侵入をキャッチすると、直ちにシャドー全ステーションに急報。『スカイダイバー』――それはシャドーの海底部隊。世界で最も進んだ潜水艦である。その前部にはスカイ1と呼ばれるジェット機が装備され、海上を超スピードで進み敵を撃破する。人間の最高頭脳を結集して作られたシャドーのメカニック。『ムーンベース』は月面基地。ここにはミサイル要撃機インターセプターが非常事態に備えている。UFO撃退の準備はできた! 」――矢島正明によるオープニング・ナレーションより

地球はUFO（Unidentified Flying Object）で飛来する謎の宇宙人による深刻な脅威にさらされていた。1980年、人類は地球防衛組織シャドー（SHADO－Supreme Headquarters Alien Defense Organization）を結成、行動を開始した。その本部はイギリスの映画撮影所の地下深く秘密裏に築かれ、UFOの侵略を防ぎ人知れず地球を守っていた。この秘密機関の最高司令官はエド・ストレイカー。沈着冷静で、任務遂行のためには部下の命を危険にさらすこともいとわない。しかしその立場ゆえ、大切な家族との生活も犠牲にしなければならなかった。ストレイカーの脇を固める人情家のフリーマン大佐や熱血漢のフォスター大佐ら、各セクションのプロフェッショナルが活躍を繰り広げる。また、月面基地ムーンベースでは、ゲイ・エリス中尉が中心となって人工衛星シド（SID-Space Intruder Detector）からの情報をキャッチ、本部へ連絡する。