ストーリー
突如、エイリアンによって侵略されてしまった地球。人類の大半は命を落とし、生き残った一部の人類は、市民軍を編成しては「スキッター」と「メックス」と名付けられたエイリアンとの生存を賭けた戦いを続けていた。
やがて、トムたちは驚くべき情報を得る。スキッターは、ハーネスを付けられエイリアン・エスフェニに支配されている別の種族であり、スキッターの中にはエスフェニの支配から逃れようとする反乱軍が存在するのだ。エスフェニの支配者オーバーロードと戦い続ける人間の姿を見て、スキッターの反乱軍は協力を申し出る。第2連隊のメンバーは反乱軍とともにオーバーロードが建設中の巨大な兵器施設に潜入、死闘の末にオーバーロードの殺害に成功する。だが歓喜の中、急に地震のように建物が激しく揺れ出す。人々が慌てて外に出ると、荒れ狂う空から無数の宇宙船が降りてくる。初めて見る形をした宇宙船からは、金属を身にまとった新種のエイリアン、ヴォルムが現れるのだった。
あれから7ヶ月。地球にやってきた新種のエイリアン、ヴォルムはエスフェニに星を侵略されて以来、エスフェニが侵略した星々を救うために、何百年もエスフェニを追っているという。そこでヴォルムは、打倒エスフェニという志を共にするトムたちと同盟を結び、進化した武器やハーネスを安全に外せる技術などを提供する。ある日、トムは捕らわれた子供たちの救出に向かうが、情報が漏れていたのか、潜伏していた敵に反撃を受ける。そんな中、トムはスキッターの反乱軍リーダーから、エスフェニが再びチャールストンへの攻撃を準備していると警告を受ける。さらに、エスフェニを滅ぼすためにヴォルムの宇宙船が地球に向かっていること、トムが殺したオーバーロードの後任が人間であることを伝える。トムはその後任がカレンであると確信する。
果たして内部にスパイはいるのか?ヴォルムの本当の狙いは何なのか?トムたちは自分たちの手で地球を取り戻すことはできるのだろうか?