アメリカの原子力潜水艦ケプル号は途中で音信を絶ち行方不明を伝えられていた。ところがある日、ケプル号はひょっこりアイルランド海域にその姿を現す。しかし、艦の内部へ入ってみると、何と乗組員全員が勤務姿のまま死んでいた。ことの重大さに、合衆国海軍当局は、そっくり乗組員を入れ替え、もう一度ケプル号の航跡を忠実に、今度は逆に辿らせて原因を調査することとし、当局の要請でネメシスのクレイグ、リチャード、シャロンの3人も一緒に船に乗り込むことになる。
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