『宇宙――そこは最後のフロンティア。これは宇宙戦艦エンタープライズ号が、新世代のクルーのもとに24世紀において任務を続行し、未知の世界を探索して新しい生命と文明を求め、人類未到の宇宙に勇敢に航海した物語である』（オープニング・ナレーションより）

カーク船長やミスター・スポックたちエンタープライズ号のクルーによる、伝説の調査航海から約1世紀後の24世紀。地球を中心とする150の文明圏で構成される惑星間同盟“惑星連邦”は宇宙艦隊を組織、未知宇宙の探査と連邦の防衛・パトロールに当たらせていた。そして今、誇り高き名前を受け継ぐ新造艦エンタープライズDが調査飛行に出航する。エンタープライズDは初代より大きく、全長は2倍以上に、内部スペースは8倍にもなっている。乗組員にはクルーの家族、子供も含まれており、総勢2000人を数える。

これらの乗組員や新しくなったD型エンタープライズ号を率いるのは宇宙艦隊のジャン・リュック・ピカード大佐。彼は常に冷静であり、困難に直面したときほど優れたリーダーシップを発揮する。そして、彼の下で指揮をとる副長のライカー中佐は、「宇宙大作戦」のカーク船長の性格を受け継ぐ熱血漢ぶりを発揮する。また生物の感情を読み取る能力を持つベタゾイド人と地球人との間に生まれたディアナ・トロイ、勇敢なクリンゴン人のウォーフ、人間を超える能力を持ちながら人間に憧れる、艦隊で唯一のアンドロイドであるデータ少佐など、個性的なクルーたちが素晴らしいチームワークを発揮し、未知なるものを求め広大な宇宙の旅を続けていくのだ。

エイリアンを追い、19世紀の地球へとやってきたデータはガイナンに全てを話すが、クレメンズがその話を聞いていることに気付かなかった。彼女の協力のもと洞窟の場所を突き止めたデータであったが、彼らを未来からの侵入者だと察知したクレメンズに付きまとわれる。一方、データを探しに19世紀にやって来たピカードたち。ライカーたちが病院で調査をしていると、どの死体からも神経系エネルギーが抜き取られていることに気付く。異星人の仕業だと踏んだクラッシャーは、そのことをピカードに報告する。データの留守を狙ってホテルの部屋に侵入したクレメンズは、机の上に置いてあったある装置に興味を持つ。データとガイナンの声が部屋に近づいてきたためとっさに身を隠すクレメンズ。しかし2人はクレメンズの存在に気付くことなく、話を続ける。やがて一行は、洞窟全体がある役割を果たしているということに気付き……。